पर्यावरण में मोलिब्डेनम के दो स्रोत हैं

(1) अपक्षय के कारण चट्टानों से मोलिब्डेनम निकलता है। यह अनुमान लगाया गया है कि इसका 1,000 टन हर साल जल निकायों और मिट्टी में प्रवेश करता है और पर्यावरण के माध्यम से पलायन करता है। मोलिब्डेनम का असमान वितरण कुछ क्षेत्रों में मोलिब्डेनम की कमी के कारण "मिट्टी और जल रोग" का कारण बनता है, और उच्च मोलिब्डेनम सामग्री के कारण कुछ क्षेत्रों में "गाउट रोग" (जैसे आर्मेनिया) होता है।
(ii) मानवीय गतिविधियों में मोलिब्डेनम के व्यापक अनुप्रयोग और मोलिब्डेनम युक्त जीवाश्म ईंधन (उदाहरण के लिए, कोयला) के जलने से पर्यावरण में मोलिब्डेनम की मात्रा बढ़ गई है। दुनिया भर में मोलिब्डेनम का उत्पादन प्रति वर्ष 100,{2}} टन है, और 800 टन मोलिब्डेनम हर साल जलाया जाता है और पर्यावरण में छोड़ा जाता है। मानव गतिविधियों द्वारा चक्र में जोड़ी गई मोलिब्डेनम की मात्रा प्राकृतिक चक्र से अधिक है। जो उद्योग मोलिब्डेनम का सबसे अधिक उपयोग करते हैं वे हैं धातु विज्ञान, इलेक्ट्रॉनिक्स, मिसाइल और अंतरिक्ष, परमाणु ऊर्जा, रसायन विज्ञान और कृषि। मोलिब्डेनम प्रदूषण का पर्याप्त अध्ययन नहीं किया गया है।

पर्यावरण में मोलिब्डेनम का परिवहन ऑक्सीकरण और कम करने की स्थिति, पर्यावरण की अम्लता और क्षारीयता और अन्य मीडिया के प्रभाव से संबंधित है। पानी और मिट्टी जितनी अधिक ऑक्सीकरण और क्षारीय होगी, मोलिब्डेनम के लिए MoO आयन बनाना उतना ही आसान होगा; इस अवस्था में पौधे मोलिब्डेनम ग्रहण कर सकते हैं। पर्यावरण की अम्लता बढ़ जाती है या न्यूनता बढ़ जाती है, मोलिब्डेनम आसानी से जटिल आयनों में परिवर्तित हो जाता है, और अंततः MoO बनाता है; मोलिब्डेनम की यह अवस्था मिट्टी और मिट्टी के कोलाइड्स और ह्यूमिक एसिड द्वारा आसानी से तय हो जाती है और निष्क्रिय हो जाती है, और पौधों द्वारा अवशोषित नहीं की जा सकती है। समुद्र में, गहरे समुद्र के घटते पर्यावरण के कारण मोलिब्डेनम कार्बनिक पदार्थों द्वारा सोख लिया जाता है और फिर मैंगनीज युक्त कोलाइड में लिपट जाता है, अंततः नोड्यूल बनता है जो समुद्र के तल में डूब जाता है और जीवमंडल के चक्र से हटा दिया जाता है।
गर्म रक्त वाले जानवरों और मछलियों पर मोलिब्डेनम का प्रभाव कम होता है। मोलिब्डेनम के उच्च स्तर का पौधों पर नकारात्मक प्रभाव पड़ता है, परीक्षणों से पता चलता है कि: मोलिब्डेनम सांद्रता 0.5 ~ 100 मिलीग्राम/लीटर जब सन की वृद्धि होगी तो प्रभाव की अलग-अलग डिग्री होगी; 10 ~ 20 मिलीग्राम/लीटर जब सोयाबीन की वृद्धि पर हानिकारक प्रभाव पड़ता है; कपास की वृद्धि हल्की हानिकारक होने पर 25 ~ 35 मिलीग्राम/लीटर; 40 मिलीग्राम/लीटर चुकंदर की वृद्धि पर हानिकारक प्रभाव डालता है। जब पानी में मोलिब्डेनम की सांद्रता 5 मिलीग्राम/लीटर तक पहुंच जाती है, तो पानी की जैविक स्व-शुद्धि बाधित हो जाएगी; जब 10 मिलीग्राम/लीटर, तो यह प्रभाव और भी अधिक बाधित हो जाएगा, और पानी में एक मजबूत कसैला स्वाद होगा; जब 100 मिलीग्राम/लीटर होता है, तो जल निकाय में सूक्ष्मजीवी वृद्धि धीमी हो जाती है, और पानी का स्वाद कड़वा हो जाता है। चीन का कहना है कि भूजल में मोलिब्डेनम की अधिकतम अनुमेय सांद्रता 0.5 mg/l है, कार्यशाला की हवा में घुलनशील मोलिब्डेनम की अधिकतम अनुमेय सांद्रता 4 mg/m3 है; और अघुलनशील मोलिब्डेनम 6 mg/m3 है।